1、潔凈廠房的建筑布局上一般在廠房外設置一環形密封走廊。它使潔凈區與外界有了一個緩沖地帶。能夠防止外界污染同時也相對節能。廠房內門窗宜于內墻面平整，不設置窗臺。外窗的層數設置和結構形式要充分考慮對空氣水分的密封，使污染粒子不易從外部滲入。
為防止室內外溫差而產生結露，室內不同潔凈度的房間之間的門窗縫隙要密封。門窗材料應選擇耐侯性好，自然變形小，制造誤差小，氣密性好的，造型要簡單，不易積塵，便于清掃，門框不設門檻。潔凈廠房的門窗宜用金屬或金屬涂塑材料，不得使用木門窗，以免長期受潮長菌。外墻上的窗宜與內墻面平整，窗臺呈斜角或不留窗臺，且為雙層固定窗以減少能量損失。
2、地面應用平整，無縫隙，耐磨耐腐蝕，不易集聚靜電的，便于清理的整體地面。設計中可以采用現澆水磨石地面，所用石子直徑應在6-15mm之間。其中分隔條必須采用銅條分隔，不得采用玻璃條。現多采用環氧自流坪地面，它是一種樹脂類復合材料地坪。它的特點是無溶劑、無毒無味、無接縫、自流找平。可以.達到鏡面裝飾效果、無縫連接、耐油類及酸、堿、鹽化學溶劑。具有防靜電，發塵小，耐磨耐沖擊等特點但是造價高。大多采用于要求高潔凈度、外表美觀、無塵、無菌的電子、醫藥、血液制品等行業生產車間地面。環氧自流坪地面的使用壽命厚度1mm以上一般可使用6年以上。以上地坪地面墊層下應鋪設防潮層，混凝土分倉線不宜通過潔凈區。
3、墻面應光滑、平整不起塵，耐腐蝕，色彩和諧，便于識別污染物，內墻涂料必須采用防霉、防靜電、避免眩光并能耐受清洗和消毒的材料涂刷。墻面與地面相交處宜做半徑50毫米的圓弧，以減少灰塵積聚和便于清潔。運輸走廊等易撞處墻邊宜設置防撞欄桿，防止因裝修材料震動而灰塵脫落。
4、潔凈廠房為了保證室內清潔，所有送風管，燈具必須布置在技術夾層里。現在大多數制藥企業采用彩鋼夾心板密封吊頂。彩鋼夾心板具有重量輕，整體強度大，整體性好，保溫隔熱發塵小等特點，比較適用于GMP生產廠房。但是吊頂的固定必須于結構主體相連，不能與設備，管線支架混用。吊頂與墻面要光滑連接。吊頂與送回風管口要可靠封閉。吊頂安裝完成后要進行燈檢，保證無縫隙。根據工藝要求，一般在技術夾層內應設置檢修走道，便于管道的檢修和更換過濾器。技術夾層的墻面與天棚需刷涂料飾面。
潔凈廠房的防火設計基本特點為：
（1）廠房主體多為鋼筋混凝土結構，或者輕鋼結構，廠房多分隔為若干小間；
（2）在生產過程中使用了甲醇、丙酮、甲苯等易燃易爆化學危險物品，對潔凈廠房構成了潛在的火災威脅；
（3）常處于密閉狀態，少窗少門；
（4）廠房內設備昂貴，怕高溫、忌水；
（5）廠內工作人員少，不利于發現火情和處理初期火災；6、內部結構復雜，通道曲折。
以此在潔凈廠房裝修中，要嚴格控制建筑物的耐火等級，設計時將建筑構件的耐火性能與廠房的耐火等級相配套，從而大大減少了火災發生的可能性。所以必須注意裝修材料的燃燒性能，盡量減少使用一些高分子合成材料，以避免火災發生時產生大量煙氣，不利于人員逃生。另外，要對電氣線路的穿管做嚴格要求，在有條件的地方要盡量使用鋼管，保證電氣線路不成為火災蔓延的途徑。