醫院的性質、類別、等級不同，以至醫院所處地理位置、環境條件和當地經濟基礎各異時，盡管其對空調凈化的基礎要求一致，但具體處理方法也不盡相同。
1、醫院空調與凈化的
近些年來，各個城市的主要醫院陸續新建、手術室改建，增設或改造了舊有的空調系統，這是我國經濟發展、科技進步和醫療衛生水平提高的反映。
新建、改建手術室，以降低術中感染率，提率，是一件值得重視的工作。從當前的技術與經濟水平出發，已具備了實施條件，應該在各地衛生主管部門的統籌規劃下陸續進行。但是近來在某些醫院空調凈化的改造或新建項目中，往往把手術室作為*關注的中心，而忽視了醫院其他部分的空調凈化問題。常見的弊端是把醫院的許多醫療部門的空調當作普通舒適性空調來處理。事實上醫療部門的空調凈化也很重要。
空調系統是預防與治療疾病的手段之一，醫院空調的功能不僅在于提高環境的舒適性，多數情況下，適宜的空調環境是治療與康復的一個重要因素，在某些情況下，甚至是主要的治療方法，在國外大量的醫學臨床研究表明，病人在適宜的空調凈化環境中體質恢復的比非控制空調凈化環境中的要快很多。
2、醫院感染的防治措施
（1）院內感染的成因
無論何時何地或何種感染的發生，與以下三個要素有關：感染源、傳播源、體弱者。
感染途徑有一下三類：
空氣感染：感染性病原體通常附在空氣中≤5μｍ浮游微粒上，隨空氣流動而擴散，被感染者因吸入這種空氣而致病。
飛沫感染：患者咳嗽、打噴嚏、說話所產生的帶病原體的液體飛沫，其粒徑通常在5μｍ以上，被感染者的鼻腔、口腔粘膜、結膜等因接觸到這種飛沫而致病，由于飛沫在重力作用下，在空氣中漂浮的距離有限，與患者近距離接觸時，受感染的機率很大。
接觸感染：被感染者通過直接或間接與患者的排泄物、血液、體液發生接觸而致病。
對于醫院空調凈化來說，其防止院內感染的主要任務是針對前兩種感染傳播方式，采用的方法是控制感染源、阻斷傳播途徑。醫院空調凈化系統 行之有效的方法就是空氣凈化，通過相應的送、回、排、補的風量調節形成壓差，控制氣流流向，防止污染擴散。
（2）空調系統的凈化與消毒
并不是每種空調方式都可以用于醫院的各部分，特別是某些室內空氣自循環機組，如風機盤管、各種自帶冷源的掛機、柜機等。手術室、產房、ICU、感染隔離室、各種實驗室、某些放射科室等許多場所均不宜使用，認為這類設備清潔消毒有困難，并有產生污染的可能，因為這類設備在夏季大部分時間是處于降溫去濕，潮濕的凝水盤和凝水管內易滋生細菌，存留病毒。因為這類設備直接安置在室內，受噪音要求的制約，驅動風機的轉速低、機外余壓小，難于配置過濾性能略好的過濾器，通常只有一道過濾網，其主要目的在于防止排管換熱器外壁積垢和過風間隙被纖維、灰塵阻塞，影響熱交換效率，并起不到醫院凈化所要求的濾塵、濾菌效果。
控制院內交叉感染，空調通風系統的設計，必須盡可能地使空氣從高清潔區流向一般清潔區在流向非清潔區，這是*的原則。但是如何穩定的維持不同區域的空氣壓差，確保上述原則，并不是件容易的事，要對設計、建造、調試、維護和監測多個環節認真處理才有可能達到此目的。當然維持各區域空氣壓差所才用的基本方法，無一例外都是靠送風、回風、排風和滲漏風等所維持某種狀態的動態平衡。設計與建造之所以重要，因為從保證各區域合理的空氣壓力分布的角度，建筑構造形式，空調方式及調節與控制方法的選取十分關鍵。可靠和靈便的風量調節裝置及自動控制系統，是壓差與氣流流向的重要保障，因為新風、送風、回風、排風通路上都存在某些變數，影響系統各部分的風量。一個設計完整的空調系統起初調節與監測等環節，是其功能充分發揮的基本保證。
空氣過濾是醫院空氣凈化的基本手段，對這個業內人士以有共識的問題，其必要性何在？面臨采用空調系統時，用什么方法才能阻斷通過空調送風系統傳播散布細菌、病毒的有效手段呢？有些業外人士的一些不同意見和質疑、特別是來自醫學界的聲音，讓有些專業人員在此問題上卻步和缺乏信心。事實上近40多年來大量的實驗和實際應用證明空氣過濾器對空氣中浮游的細菌和病毒有穩定可靠的過濾效率。
紫外線消毒問題，紫外線消毒主要用于房間上部的照射消毒，也可用與通風管道照射消毒，但是其滅菌效果限制較多，一些文獻明確指出“如果空氣被處理后將循環使用，則不能用紫外線消毒燈代替過濾器。”紫外線滅菌機理是通過照射使生物、細菌、病毒內的核酸、原漿蛋白或酶產生光化學而死亡。