凈化廠房百級區通常為垂直層流，斷面風速控制在0.25～0.3m/s為宜，太大則浪費，太小則不易保證潔凈度。循環風量應把百級區送風量考慮在內。藥品生產廠房百級區循環風處理方式一般有如下幾種：
方式1：在百級區上部設靜壓箱,百級區吊頂滿布FFU風機凈化單元，循環風從百級區側墻下部進入豎風道，通過豎風道進入靜壓箱，經FFU送入室內，FFU本身即帶過濾器，又有風機。此種方式，循環風加壓過濾均由FFU完成，處理方式比較簡單，在百級區吊頂內即可完成循環風處理。空調系統布局緊湊、方便、施工比較簡單。百級區上部靜壓箱相對百級區為負壓，百級區頂棚FFU與吊架間的滲漏，為室內流向靜壓箱，對百級區潔凈度造成影響較小。近年來隨著FFU制造技術的提高，FFU單機成本、噪聲不斷下降，風機效率不斷提高。藥品生產廠房百級區采用FFU處理方式越來越多。目前FFU產品單機噪聲多在52～57dB（A）之間，若采用FFU數量較多，幾十臺甚至更多，則百級區的噪聲難以達到規范要求，造價也較高。
方式2：百級區上部設靜壓箱，頂棚滿布過濾器（滿布率應≥65%），采用循環風機，從百級區豎風道進風，加壓后送入靜壓箱，通過頂棚過濾器，送入室內。
此種方式有如下優點：①百級區造價較FFU系統低；②能夠較好的控制循環風系統噪聲。藥品生產廠房百級潔凈區面積較小，循環風量多在50000m3/h以內(保證50m2百級區)。實際工程中可采用多臺循環風機加壓，控制循環風機全壓在420Pa以內。這樣，采用小功率風機減小風機本身噪聲，并通過在風機進、出口風管上安裝消聲器等措施，能有效控制百級區噪聲。此方式的缺點是設置循環風機箱及處理噪聲，需要較大的空間，而通常百級區周圍風管都比較密集，需要精心布局。此方式百級區上部靜壓箱相對百級區室內為正壓，頂棚過濾器與吊架間的滲漏，為靜壓箱流向室內，直接影響百級區潔凈度。對施工質量要求較高。
方式3：萬級區潔凈房間內含局部百級區。此種情況在藥品生產廠房潔凈區內也比較多見。這種情況，局部百級區面積一般在10m2以內。可以利用萬級凈化空調系統送風控制室內溫、濕度,補充新風。在局部百級區加大循環風量。循環風處理方式可以采取前述方式1，即在局部百級區吊頂內作靜壓箱，百級區范圍內滿布FFU，利用FFU處理循環風。循環風處理方式也可采取前述方式2，即在局部百級潔凈室區吊頂內作靜壓箱，百級區范圍內滿布過濾器，利用循環風機加壓。
為了提高潔凈室局部百級區氣流垂直層流效果，可以根據現場工藝設備高度及操作要求，適當降低局部百級區吊頂，或在潔凈區吊頂下直接拼裝百級層流罩，并在百級區邊界處裝抗靜電塑料裙擋。