隨著現代生物醫學的發展，對潔凈室中細菌數目、微生物污染的控制問題要求也不斷提高，以保證醫療醫藥、生物研究、食品生產等行業不受微生物污染或感染。
工業潔凈技術和生物潔凈技術必將隨著科學技術的發展和工業產品的日新月異而快速地發展，成為現代工業生產和科學實驗活動*的重要技術標志之一。目前，潔凈技術已廣泛應用于各行各業或其他要求防止粒子污染、微生物污染的環境控制、由于各行業間差距較大，且要求不同，因此控制環境的內容、指標均不相同。
1、醫藥產品生產的潔凈室要求
藥品是用于預防、治療疾病和恢復、調整機體功能的特殊商品，它的質量直接關系到人的健康和安危。如果一些藥品在制造過程中受到微生物、塵粒等污染或交叉污染，可能會產生預料不到的疾病和危害。
2、醫療醫用及醫學研究中的潔凈室要求
以集成電路為代表的工業環境控制中多采用工業潔凈技術和工業潔凈室；而在醫學中，多采用生物潔凈室進行微生物污染控制。在生物潔凈室里，這些微生物多由細菌和真菌組成，粒徑尺寸在0.2um以上，常見的細菌粒徑都在0.5um以上，并且多數依附在其他物質微粒上。生物污染渠道不僅通過空氣，還與人體、與操作人員的服裝有關。在醫學研究領域中，生物實驗室、無菌實驗室以及供生物化學、醫學實驗用的“特殊飼養動物”飼養室也都十分需要控制微生物污染。
3、精密機械和精細化工產品生產的潔凈室要求
隨著科學技術的發展，許多工業產品的生產加工對生產環境中的含塵濃度提出*的要求，這就需要其生產環境中具有一定的空氣潔凈等級和控制生產過程所需各類相關物質的供應質量。例如，在膠片生產中，膠片若受到了塵埃的污染，將會發生乳劑氧化，活性減弱，pH值變化等，從而影響膠片的感光性能。
4、半導體、集成電路生產的潔凈室要求
半導體材料提純作為發展半導體器件的重要基礎。由于大規模和超大規模集成電路的工藝要求，為得到高純度的硅材料，原料和中間媒介的高純度和生產環境的潔凈度成為影響產品質量的一個突出問題。集成電路芯片的成品率與芯片的缺陷密度有關，而芯片的缺陷密度與空氣中粒子個數有關。因此，集成電路的高速發展，不僅對空氣中控制粒子的尺寸有*的要求，而且也需進一步控制粒子數；同時，對于超大規模集成電路生產環境的化學污染控制也有相關的要求。
5、化妝品、食品生產的潔凈室要求
現代化妝品中大多含有蛋白質、維生素、氨基酸、植物萃取液等，這些組分為細菌、霉菌等微生物的滋生、繁殖提供了有利條件。因此，微生物的污染是影響化妝品質量的重要因素。化妝品生產過程中使用的潔凈室的控制對象主要是塵粒、微生物，與藥品生產用的潔凈室要求類似。目前，化妝品生產用潔凈室的空氣潔凈度等級可參照藥品的GMP規范進行。
在食品工廠的生產過程中，設施的嚴格管理是確保食品的安全衛生，防止發生由于病原大腸菌、沙門氏菌造成的食品中毒或飲料中混入霉菌等的重要手段。20世紀90年代至今，WHO及一些發達國家引入HACCP（危害分析重點控制點）系統，制定了利用衛生管理生產過程的食品生產承認制度。潔凈室與電子、制藥、生物工程、醫療衛生、食品、化妝品和軍工行業密不可分，提供滿足生產需要的受控環境，直接影響產品的質量。但因各行業對潔凈室的潔凈程度要求是不一致的，因此在進行潔凈室設計時應遵守相關的標準，確保潔凈環境達到所需的標準。