1、經濟性方面
（1）對于別的生物安全實驗室，由于其造價昂貴，不宜盲目。在立項建造生物安全實驗室前，首先應對實驗室的主要用途，基本的性能指標，以及建造實驗室的目的等有透徹的了解。要根據試驗對象的危害性確定生物安全實驗室的等級，不能盲目的追求高等級，因為級別越高，建造和運行費用也越高。
（2）平衡初次投資和運行費用之間的關系，不能只追求很低的初投資，選擇廉價的設備或簡易的系統形式，而忽略了運行費用，避免出現建得起而用不起的尷尬情況。設計時要進行壽命周期費用（life cycle costing）分析方法，經技術經濟分析后選擇合理、經濟的設計方案。
2、慎重選擇設計和施工單位
用戶應當選擇曾經設計或建造過別生物安全實驗室并且具有相關資質的企業。特別應該強調的是，生物安全實驗室的空氣凈化和負壓控制系統比一般的采暖通風空調系統要重要得多，必須進行詳細的設計計算。
3、平面布局的問題
過于繁瑣的平面布局，只能增加使用中的不便，并不能真正起多少實際作用；照搬國外簡單的實驗室布局，也不符合中國的環境特點和管理水平。一些實際工程由于平面布局不合理，增加了初投資和管理難度，有的影響了實驗室內的空氣潔凈度。因此，一個完善合理的布局非常重要，這就要求業主和設計方要有對生物安全的充分理解以及相互之間的充分溝通。
4、空調通風系統
（1）某些設計人員對生物安全的概念不清楚，造成生物安全實驗室內氣流組織不合理，死角過大。生物安全實驗室要求氣流必須從清潔區流向污染區，室內送風口和排風口的位置應使氣流停滯的空間降到小，并且室內排風口應設置在危險區域，單側布置，不得有障礙。有的工程送風口對著生物安全柜吹，送風氣流和生物安全柜工作窗口的保護氣流互相干擾，加重了致病因子的泄露。
（2）密閉性能差，包括實驗室圍護結構的密封性和空調通風管道的密封性。圍護結構的密封性差主要是在門窗部位，也有些隔墻的連接處密封性差；空調通風管道的制作過程不符合要求，密封材料不合格。這些都違背了高度生物安全實驗室要求密封性好的基本原則。
（3）排風系統的過濾器安裝位置不合理，把過濾器安裝在排風機的正壓端，不能滿足污染的排風段必須負壓的要求。
（4）排風系統不加過濾器，而是采用高空排放，這也是不允許的。有些設計或施工單位對高速排放的理解也有問題，認為高速排放就是排風管中的風速要超過13米/秒，結果排風阻力大，達不到要求的排風量，室內很難保持要求的負壓。或者排風機壓頭加大，噪音和電耗也同時加大。有些工程已經由于排風噪聲超標與周圍居民引起矛盾。
（5）過濾器的更換和檢漏問題，特別是排風過濾器。排風過濾器更換前必須首先消毒滅菌，設計和安裝時必須考慮消毒問題，同時便于更換。為了確保環境安全，排風過濾器也應考慮檢漏的可能性，或采取其他確保不泄露的措施。我國很多P3實驗室沒有做到這一點。
（6）室內安裝分體空調或立柜式空調器，這在生物類潔凈室中是不允許的，因為空調器中的換熱器事實上是一個微生物孳生裝置，嚴重污染實驗室環境。有些施工單位雖然不把分體空調或立柜式空調器安裝在實驗室內，而是安裝在鄰近房間，用風管進行送風。但由于別生物安全實驗室必須采用直流風，而普通空調的換熱器是按室內循環風設計，達不到直流風要求的大焓差，再加上為了降低造價，設備容量沒有富裕，根本達不到要求的室內溫度。在別生物安全實驗室做實驗需要穿特制的防護服，有時需要穿多層，如果溫度達不到要求，實驗人員的感受會可想而知。
5、設備備用問題
（1）沒有設置備用電源。如三級生物安全實驗室要求雙路獨立供電，或采用備用發電機組，而四級生物安全試驗室要求有第三備用電源。條件不具備時需要另設不間斷電源，不間斷電源的供電能力要求不少于45分鐘。有的三級生物安全試驗室僅采用普通市政供電，沒有任何備用措施，顯然不滿足要求。
（2）排風機的備用問題。為了保證實驗室內在任何情況下都保持負壓，三級、四級生物安全實驗室的排風系統要求應設置備用排風機，但很多工程沒有設置。更有甚者排風系統沒有備用風機，但送風設置了備用風機。
6、系統的調節和控制功能
系統的調節和控制功能。為了嚴格保證實驗室內各個區域內的壓差和壓力梯度，送風和排風系統上應安裝必要的風量調節裝置，而不能用普通調節閥代替。有些工程生物安全柜和房間的排風沒有經過嚴格的設計計算，在系統調試時不能滿足設計要求的壓力梯度，或壓力梯度不穩定。沒有完善的自控系統，缺少應對突發事件的能力，也是目前已竣工實驗室的一個主要問題。雖然竣工驗收時各區域的壓力梯度可以調整到滿足要求，但在實際運行過程中，由于過濾器阻力變化，缺乏專業運行管理人員等原因，沒有自控系統的實驗室不能確保壓力梯度。因此必須重視生物安全實驗室的自控系統。
7、要重視工程檢測
生物安全實驗室竣工后，首先應經過國家授權的檢測機構的檢測，這是很重要的一個環節。檢測的內容應包括實驗室的嚴密程度、各個房間之間的負壓值、空氣氣流流向、過濾器檢漏、潔凈度級別、自控系統等多個方面。
8、其他注意事項
嚴禁把生物安全實驗室建成正壓實驗室，應按規定安裝防火閥，嚴禁用凈化工作臺來代替生物安全柜，嚴禁用安全柜的排風代替房間排風等。普通凈化工作臺與生物安全柜工作原理和用途*不同，根本無法保護人體免受微生物感染，這是十分危險的。