如果一些生產(chǎn)工藝單一，潔凈室分散、不能或不宜合為一個系統(tǒng)；或者各個潔凈室間無法布置輸送系統(tǒng)和機房等場合，如果再采用集中式凈化空調(diào)系統(tǒng)就不適合了。這時應(yīng)采用分散式凈化空調(diào)系統(tǒng)，也就是說，把機房、輸送系統(tǒng)和潔凈室結(jié)臺在一起，自成系統(tǒng)。在各個潔凈室或鄰室內(nèi)就地安裝凈化和空調(diào)設(shè)備或凈化空調(diào)）。所謂空調(diào)設(shè)備就是一個將冷熱源、空氣處理設(shè)備、風機和自動控制設(shè)備等組裝在一起的定型產(chǎn)品。凈化空調(diào)設(shè)備是具有凈化功能的空調(diào)設(shè)備，除了增加幾道過濾設(shè)備，其他設(shè)備也要作相應(yīng)變化。一般來說，凈化空調(diào)系統(tǒng)的處理風量畢竟有限。往往不要滿足較高潔凈度的潔凈室所需風量。系統(tǒng)處理過程也往往是一次回風系統(tǒng)。由于凈化空調(diào)設(shè)備內(nèi)風機要求克服熱交換盤管、通道及幾級過濾器的阻力，所需壓頭很高。為了安裝于設(shè)備內(nèi)，體積不可能很大；如采用較高轉(zhuǎn)數(shù)來達到所需壓力，噪聲震動又較大。
鑒于國內(nèi)設(shè)備狀況，這類機組發(fā)展較慢。*，潔凈室內(nèi)除了一些必要設(shè)備外，盡可能把設(shè)備設(shè)置在室外，加上人員人數(shù)嚴格控制等，潔凈室的熱濕負荷通常比普通空調(diào)室小，但所需風量卻比一般空調(diào)室大，這就從另一個角度限制了凈化空調(diào)設(shè)備的使用范圍。為了解決這一題，正分散式凈化空調(diào)系統(tǒng)中，可以將風機一過濾器單元等局部凈化設(shè)備放在潔凈室內(nèi)，或設(shè)置于鄰室、套間、頂棚內(nèi)等處而與潔凈室相聯(lián)。或利用鄰室、套間、頂棚等作靜壓箱，并在內(nèi)設(shè)置普通空調(diào)機組，以作混風和空調(diào)處理用。它的處理過程可看作二次回風。
空調(diào)機組實際上是一個小型空調(diào)系統(tǒng)，它的冷源通常采用壓縮式制冷機組，熱源在容量不大和要求靈活性大時可采用電熱。空氣處理設(shè)備主要是制冷機的蒸發(fā)器，電加濕器及電加熱器。當潔凈室溫度、濕度全年的控制精度要求較高，可采用恒溫恒濕機組。它能自動調(diào)節(jié)空氣溫溫度，以維持室內(nèi)一定溫度，濕度。當潔凈室僅要求夏季舒適性空調(diào)，即僅在夏季降溫去濕，可采用冷風機組。它與恒溫恒溫機組主要區(qū)別在于沒有自動控制（采用手動控制），電加濕器和電加熱器。如果是容量小的空調(diào)機組（冷量小于7kW，風量小于1200m 3／h）可做成窗臺式。容量大的（冷量小于70kW，風量小干20000m3／h）為立柜式。
上述這種將空調(diào)和凈化兩種功能分開處理的作法，不僅解決潔凈室熱濕負荷小、處理風量大的難題，而且使系統(tǒng)更為靈活。由于利用套間或頂棚作靜壓箱，使空氣環(huán)路斷面大-輸送路線短，對空調(diào)機組和凈化設(shè)備的風機壓頭要求不高，因此相應(yīng)噪聲與能耗也不高。凈化設(shè)備也可適應(yīng)潔凈室需要，采用多種形式，與空調(diào)機組幾乎沒有關(guān)聯(lián)，這種形式在我國應(yīng)用很廣泛。但是這種系統(tǒng)的新鳳往往只是靠套間或頂棚等產(chǎn)生負壓而滲透進來，不能有效控制，無法滿足室內(nèi)衛(wèi)生要求。潔凈空間內(nèi)可通過送風量差值控制來建立正壓，但在套間中的負壓并不一定使室外新風通過新風過濾器進入套間，往往透過其他途經(jīng)（從走廊及窗等）滲入，套間內(nèi)濃度很不穩(wěn)定。這樣不僅會影響過濾器使用期，而且也可能涉及到潔凈空間內(nèi)的潔凈度，這是一個易被人忽視的問題。
新風凈化機組在過渡季節(jié)內(nèi)可相應(yīng)增加新風量，以節(jié)約空調(diào)能耗。這樣把整個系統(tǒng)的空調(diào)、凈化和新風補給的三個功能，分別由各自獨立的三種類型機組負擔。空調(diào)機組僅負但冷熱負荷，供冬夏兩季使用，而不具有過濾性能；新風機組雖有過濾性能，主要是保證新風補給和根據(jù)不同季節(jié)變化新風量，而室內(nèi)潔凈區(qū)的建立*靠凈化設(shè)備完成。這樣空調(diào)器無須克服過濾器阻力，新風不必經(jīng)過冷熱盤管，凈化設(shè)備也省去經(jīng)空調(diào)器循環(huán)的動力，能耗較低。運行證明效果是很理想的。但是由于新風未經(jīng)空凋機組處理，室外參數(shù)易波及室內(nèi)，特別是相對濕度控制，因此不適宜空調(diào)精度高的潔凈室。如新風直接送入室內(nèi)，則應(yīng)充分注意對氣流組織的影響及噪聲振動處理。
綜上所述，全分散式凈化空調(diào)系統(tǒng)的大特點就是靈活、簡易。它可滿足不同房間的不同送風要求。當室內(nèi)熱濕負荷變化時，調(diào)節(jié)系統(tǒng)反應(yīng)快，也不影響其他各室進風參數(shù)，潔凈空間小而單一，管理比較方便，潔凈度也易保證。加上沒有輸送管系及機房，節(jié)約了輸送能耗及沿途冷熱損失和污染，減少了輔助占地面積。另外空調(diào)機組體積小，現(xiàn)場安裝工作量少，操作使用也方便，不需要專門熟練操作工人。國內(nèi)常采用凈化單元組成平行流潔凈室，采用自凈器構(gòu)成亂流潔凈室。在結(jié)構(gòu)上往往采用裝配式的。因此與原土建結(jié)構(gòu)關(guān)系少，建設(shè)周期短，上馬快，很適用于改建工程。但是一般來說機組設(shè)備投資較高，維修量也大。與集中式凈化空調(diào)系統(tǒng)相比，它的噪聲和振動很難處理得很理想。