生物安全柜作為實驗室中常見的儀器，其廣泛應用于醫療衛生、食品衛生、生物制藥、環境監測等領域。其主要目的是保障生物安全和環境安全。因此，生物安全柜在去污方面有較多需要注意的地方。
將適量的低聚甲醛(使柜內空氣中的低聚甲醛的終濃度為80%)置于電熱盤或煎鍋上(從柜外控制)；另將一個放有比低聚甲醛多10%的碳酸氫的電熱盤或煎鍋也放在柜內(在柜外控制)。這第二個容器上應帶蓋，這個蓋子可以從遠處取下來(例如系在一根線上，線可以從柜外拉動)。這樣可以使提前中和的低聚甲醛達到小。如果相對溫度低于70%，有熱水的開口容器。如果沒有前隔板，則要用生型塑料擋板，將其用膠帶粘在前臉，確保不會有氣體漏入房間。當盤內的低聚甲醛已全部揮發或開關已打開1小時后，將開關關閉。將安全柜放置一整晚不得觸動。將第二個盤子的蓋移開并打開其開關，碳酸氫氨開始揮發。這時，關閉盤子的開關，讓安全柜開始工作，使碳酸氫氨氣循環1小時。后可以取下前隔板(或塑料擋板)，安全柜即可使用。
生物安全柜在使用后可能會殘留一定的污垢，對于去污處理一定要多上心。污垢的殘留可能會影響您下一個實驗的結果，所以每次實驗結束后一定要仔細檢查您的安全柜是否存在污垢，然后進行及時的處理。