空氣中懸浮微生物的測定方法有空氣懸浮微生物法和沉降微生物法兩種，也即通常所說的浮游菌和沉降菌檢測法。浮游菌檢測法是利用采樣器收集懸浮在空氣中的微生物粒子于專門的培養基上；而沉降菌測試方法，是采用直徑為90mm的培養皿，在采樣點上利用自然沉降原理30min進行采樣。把采樣后的基片經過恒溫箱內37℃、48h的培養生成菌落后進行計數。使用的采樣器皿和培養液必須進行消毒滅菌處理，采樣點可均勻布置或取代表性地點布置。浮游菌法采樣點數可與測定空氣潔凈度測點數相同。采樣時間應根據空氣中微生物濃度來決定。沉降菌法的少培養皿數應符合《通風與空調工程施工質量驗收規范》GB 50243-2002的規定。
微生物檢測前，潔凈室必須處于正常運轉狀態。其溫濕度、風量、風壓及風速須控制在規定值內；被測試的潔凈室已消過毒，測試人員不得超過2人，須穿潔凈工作服。采樣前，凈化空調系統正常運行時間：對于單向流潔凈室（ISO 5級）不得少于10min；對于非單向流潔凈室不得少于30min。工作區采樣點位置距地面0.8～1.5m，根據需要可在關鍵部位增加采樣點。
1、檢測方法
（1）沉降菌測試方法
1）把直徑90mm注入培養基的平皿放在測點處，開蓋暴露30min后，用手指輕推搭在培養皿邊上的皿蓋，將其蓋好，放入培養皿容器中。若培養皿放置密度較大，在蓋蓋時應先蓋近處、后蓋遠處的培養皿。以防蓋蓋操作造成對培養皿的污染。
2）把培養皿放入37℃的恒溫箱內培養48h，然后用肉眼計菌落數（CFU），再用放大鏡檢查是否有遺漏。
（2）浮游菌測試方法
1）對采樣器、培養皿進行嚴格消毒，采樣口及采樣管在使用前須高溫滅菌。
2）測試人員應穿潔凈工作服。
3）開動真空泵抽氣，時間不少于5min，使儀器中的殘余消毒劑蒸發，然后調好流量及轉盤轉速。
4）關閉真空泵，放入培養皿（雙手須用消毒劑消毒），蓋好蓋子后調節采樣器。
5）置采樣口于采樣點后，依次開啟采樣器、真空泵，根據采樣量選定采樣時間。
6）全部采樣結束后，將培養皿放入37℃恒溫箱中培養48h，然后用肉眼計菌落數（CFU），再用放大鏡檢查是否有遺漏。
2、合格標準
計算被測潔凈室的浮游菌平均濃度
C=被測潔凈室總菌落數（CFU）/總采樣量（m³）
在生物潔凈室中，藥品、食品、生物制品的生產環境所要求的的浮游菌菌落數及潔凈度由相關規范給出，由C值來評定生物潔凈室是否達標，若C值≤規定浮游菌菌落數，則達標。
沉降菌的平均菌落數：M=M₁+M₂+…+Mⁿ/n
式中，M為被測潔凈室沉降菌平均菌落數（CFU/皿）
M_1、M_2、…Mⁿ為1號、2號、…、n號培養皿的菌落數
n為培養皿總數。
若M≤規范或工藝要求的沉降菌菌落數，則被測潔凈室的微生物達到規定標準。否則應查找原因，進行消毒滅菌，規范測試操作，重新測試。