潔凈室中排風口的位置是由生產工藝決定的，排風有如下作用：
1、排除生產過程中散發的有害氣體及粉塵。
2、排熱。如潔凈手術室中的排風是要排除麻醉氣體、消毒氣體及不良氣味；片劑車間的排風主要是排除生產過程中產生的藥塵；小針劑封裝工藝的排風是排除燃燒產物及生成熱。在設計排風系統時，排風量的計算與通風空調工程中的計算類似，在此不再贅述。在此主要探討如何科學的設計排風系統，既能滿足工藝要求，又能節約能耗。因為排風量增大，新風量也隨之增大，能耗必然增加。以固體制劑車間粉碎、過篩潔凈室為例，來討論排風系統的設計方法。原輔料進入生產車間后首先要粉碎、過篩，而粉碎工序的產塵點主要在加料口、出料口及收料裝置，如果不熟悉這一工藝，按產塵點位置設置排風罩，也算一種方法。但這種方法排風量大（能耗大），排塵效果差，藥塵甚至會彌漫于整個室內，對工人的健康危害很大。所以，如果改變排風控塵的方法，效果就大不一樣。粉碎機加料口產塵不大，可設置小排風罩（300mm*300mm）排除加料時散發的藥塵。在出料口及收料袋處，產塵很大。粉碎機刀片的旋轉猶如風機葉片般增壓，使該處產生的正壓很大，用再大的排風罩也很難有效控制藥塵。所以，根據該工序的這一特點，可在出料口設置密閉收料箱，在收料箱上設置密閉門和排風口，只要用很小的排風量就能使箱內產生負壓，很好的控制藥塵。
排風系統的設計關鍵是排風（排塵）方案的設計，通過深入了解生產工藝、熟悉產塵、產熱的特點，制訂出有效的捕塵、排熱方案。但所有的措施都不能影響生產工藝操作，都不應該給潔凈室增加集塵產塵的隱患。也就是說排塵、排熱、捕塵等設施應不集塵、不產塵。對于排氣罩的形式及安裝位置都需仔細推敲，潔凈室內的排氣罩都要求用不銹鋼板制作，應安裝于產塵點的正上方，但這個位置通常也是高效送風口的位置(特別是面積小的潔凈室，只有一個送風口，在氣流組織設計時，要盡可能把送風口置于需保護的工作點上方)，解決這一矛盾的方法如下：
（1）送風口位置不變，改變排風罩的形狀，如下圖所示。采用非中心對稱的排風罩(其伸入吊頂夾層內的排風管錯開高效送風口B)，使加料口A處于排風罩的覆蓋之下，同時也處于送風口的主流區內。這樣有送風口主流區高潔凈度的保護，加料口處不會被污染，而其產塵也被及時排走，不會對其它操作點產生交叉污染。排風罩罩口的標高，在不影響加料的前提下盡可能低點，以保證罩口的有效抽吸。一般罩口距加料口保持300mm為宜。

（2）排風罩位置不變，形狀可為中心對稱，也可為非中心對稱。調整送風口的位置，同時再調整回風口位置，仍使加料口處于送風口的主流區中(切忌處于渦流區中)。如果是單側下回風，回風口設于如上圖中罩的右側，讓送風氣流“掠”過加料口。
排風罩的位置、形狀確定后，就可確定排風系統了。對于產生有害氣體及產熱的工作點，應把排風排向室外(需經處理或熱回收)。可把同一性質、同時使用的工作點的排風集中于一個系統經處理后排出，也可單設排風機組。在排風系統中必須設置：關閉閥、中效過濾器(有的需設置亞高效或高效過濾器)、止回閥及防雨百葉。關閉閥設置于罩口處，在室內可手動啟閉(或電動啟閉)，排風停止后及時關閉；在一般排風系統中設置中效過濾器即可，主要作用是過濾排塵氣流中的微粒及防止停用時室外空氣倒流(由熱壓、風壓引起)時的污染。因為止回閥雖然也可起防倒流的作用，但其密閉性較差，效果不好。一般情況下，風壓、熱壓不可能大于中效過濾器的阻力，所以，過濾器防止倒流的效果非常好。有的排風系統，采用中效過濾器不能滿足要求，如青霉素分裝車間，生物安全潔凈室等，在這些排風系統中必須裝設高效過濾器，以防止排風中的致敏物及具有生物學危險的氣溶膠對環境的污染。所以，在排風系統中，設置什么過濾器，應根據行業標準及生產工藝等方面的要求而定。止回閥設于過濾器后的正壓排風管段上，盡量離室外排風口近些，起雙重保險作用。對于排風出口為防雨百葉的系統，如果排風系統中已設置中效過濾器，從效果上講，可不設置止回閥，但圖紙審核及工程驗收時，有些人對止回閥的重視程度比過濾器還高，其實過濾器的止回效果比止回閥好得多。