一、選址：不宜建在地下
對于消毒供應中心的建設，首先涉及到的是選址問題。
我國從2009年12月1日開始實施新的行業標準——《醫院消毒供應中心》，規定醫院“重復使用的診療器械、器具和物品由消毒供應中心回收，集中清洗、消毒、滅菌和供應”。由此，消毒供應中心處理器械的工作量明顯增加，工作所需要的空間也會增加。設計選址時，應根據醫院實際情況充分考慮涉及物品供應安全、效率、成本等方面的影響及效果。消毒供應中心不宜建在地下，還是建在地上好，而且要建在醫療區域內，毗鄰中心手術室，這樣便于建立與醫療區域之間的物品傳輸通路。這是比較理想的選址方案。
消毒供應中心的環境特點是清洗、操作的用水量大，加之高溫設備和物品散熱，環境中易產生水汽、濕熱和霉菌滋生，從而影響無菌物品質量的控制。因此，消毒供應中心如果建在地下室，應注意以下方面的問題：
首先，環境條件及設計方案必須符合行業標準中室內溫度、相對濕度、新風量、排風次數以及工作照明等指標和規定；其次，所選用的墻面、天花板材料應防霉、防潮、耐腐蝕、易清潔；再次，充分考慮管路使用中可能出現的跑、冒、滴、漏問題。還有就是消毒供應中心的供汽（氣）管路、供水管路、排風（氣）管路、排水管路等，以及經過的基礎管路、管線應考慮維修的方便性。
二、面積：一般為0.7m2/床，可計算工作量后預估
消毒供應中心的面積為多少才合適？一般是按每張床位0.7m²，現在有的醫院達到了每張床位1m²。值得注意的是，專科醫院和綜合醫院的消毒供應中心建筑面積有很大差異，一般而言，工作量大、專科器械復雜、手術類型多，消毒供應中心建設需要的面積較大，反之則較小。計算工作量可以幫助預估操作區域所需要的面積。除了處理量較大的手術器械、婦產科器械、病區器械，門、急診使用的器械物品也是測算工作量的主要項目。另外，對今后可能增加的手術臺次、病床增加量等也應預估和計算。計算工作量后再進一步確認面積需求，通過計算清洗設備、滅菌設備、制作臺、儲物等設備數量和必須的功能面積，以及工作人員操作需要的活動空間面積，另外還應預留一定的設備面積，來確定整個消毒供應中心的面積。總之，只有結合自己醫院的實際情況才能使建筑面積適合工作和發展的需要。
三、設計：全面考慮溫濕度控制問題
目前，控制消毒供應中心溫度濕度的主要手段是通過建立空調系統、排氣管路、使用隔熱材料等方法隔離熱源擴散。有的醫院在消毒供應中心采取了層流凈化裝置。雖然這種裝置能夠起到一定的凈化作用，但是如果空間的溫度和濕度不能得到有效的排除，熱源擴散得不到較好的控制，層流凈化作用將非常有限。還有一些醫院由于設計方案不全面，設計能力不足，導致供應中心溫度過高、濕度過大，只好采用開窗通風的方式來降溫，影響了環境的潔凈度。另外，在污染區的工作人員穿著防護衣操作也難以承受較高溫度。所以，在設計階段應全面考慮如何解決溫度濕度控制問題。
四、新行標：區域劃分對建筑的影響
新行業標準重新規定了消毒供應中心區域劃分的要求。將過去的三區，即污染區、清潔區（包含生活區）、無菌區改為兩大區域，即輔助區和工作區域。輔助區包括工作人員更衣室、值班室、辦公室、休息室、衛生間等；工作區域包括去污區、檢查、包裝及滅菌區、無菌物品存放區。新的區域劃分是消毒供應中心建筑布局與房間設計的重要原則，這體現在以下方面：
1、根據輔助區和工作區域的劃分要求，工作人員辦公活動區域必須和器械處理的操作區域之間作分隔的設計。
2、工作區域包括去污區、檢查、包裝及滅菌區、無菌物品存放區，環境的消毒隔離標準、器械處理條件（包括使用材料、設備、人員操作）等在同等范圍的屬于一區。新行業標準規定，去污區為污染區，檢查、包裝及滅菌區、無菌物品存放區為清潔區。   
新的劃分方法更利于消毒供應中心流程設計。器械的處理不需要像過去那樣涉及多個專門的房間，只要控制器械質量的標準和消毒隔離措施是一個等級，相互的操作不會有污染交叉影響，原則上就可以歸為一個操作區。例如移植手術器械、一般手術器械、常規診療包、換藥包等等的檢查、包裝及滅菌，都可以在一個區域中進行，或者分時段進行操作。新的區域劃分方法更加適合二級以上各級醫院和專科醫院的不同需求，是醫院消毒供應中心在新建、擴建和改建過程中，實現醫院感染預防與控制的重要原則。
五、屏障：實現屏障*和限制
新標準明確提出，去污區、檢查、包裝及滅菌區和無菌物品存放區之間應設實際屏障，進一步強調了各區隔離的設計和環境衛生學要求的重要性。那么，如何建立實際屏障呢？
消毒供應中心對實際屏障的要求包括3個方面：在去污區、檢查、包裝及滅菌區和無菌物品存放區之間應設建筑的屏障，主要形式為獨立的房間或區域；物流、人流的限制通過或*通過的屏障，如門、窗（傳物窗）、專用通路（電梯）；對空氣流的控制，通過各區空氣的壓差形成由清潔區域至污染區域的氣流方向。在建筑設計中實現建筑的屏障比較容易。實現屏障*和限制通過時需要聽取多方意見和需求，進行周到的設計。例如，一般用車運送材料的通路、大型設備移動通路、人員安全出入通路等都需要設門，而且是雙門。如果只考慮屏障的限制要求，設計窗戶用于傳送材料等物資，這將大大影響工作效率，延長隔離屏障開通的時間，繼而影響空氣流向控制等問題。目前，在這方面存在問題較多，不適當地使用傳遞窗，有的一面墻上開多個窗，分類傳遞，實為浪費人力、物力。