我國將空調系統中一次積塵積水誘發的微生物污染稱為二次污染。控制空調機組二次污染的思路應該是做減法而非做加法，所謂減法是直接消除空調系統的污染源。而加法則是不顧污染源特性，增加“凈化"、“殺菌"措施，來消除空調系統產生的污染，但是絕大多數措施總有其負面作用，有些人誤認為在空氣處理機設置殺菌措施越多越好，結果事倍功半，甚至弄巧成拙，反而加大微生物污染的隱患。
《潔凈手術部建筑技術規范》GB50333-2013中對凈化空調機組的部件提出如下要求，為什么要這樣要求？
控制空調系統污染旨在建立起一套保障體系。不僅在于最終無菌度的體現，而在于將最終結果的控制轉變為影響因子的控制，轉變為全過程的控制。
一、凈化空調系統—凈化空調機組
凈化空調機組的選用除應滿足防止微生物二次污染原則外，還應滿足下列要求：
1、凈化空調機組內表面及內置零部件
應選用耐消毒yao品的材料或面層，材質表面應光潔。
2、內部結構及配置的零部件
應便于消毒、清洗并能順利排除清洗廢水，不易積塵、積水和滋生細菌。
3、表面冷卻器的冷凝水排出口
宜設在正壓段，否則應設能防倒吸并在負壓時能順利排出冷凝水的裝置。凝結水管不應直接與下水道相接。
4、凈化空調機組的風機
應配置能量調節裝置。新風機組和空調機組內各級空氣過濾器前后應設置壓差計。室內安過濾器的各類風口，宜各有 1個風口設測壓孔，平時應密封。
5、加熱裝置
當空氣處理過程需要再熱時，不宜全部采用電加熱裝置，可利用余熱、廢熱作為送風再熱源。
6、空氣處理器
不應采用淋水式空氣處理器。當采用表面冷卻器時，對于無新風集中除濕的空調機組通過其盤管所在截面的氣流速度不應大于 2m/s。
7、空調機組中的加濕器
空調機組中的加濕器不應采用有水直接介入的型式，宜采用干蒸汽加濕器。加濕水質應達到生活飲用水衛生標準。加濕器材料應抗腐蝕，便于清潔和檢查。
8、加濕設備的安裝位置
加濕設備與其后的功能段之間應留有距離。I~III級潔凈用房凈化空調系統末級過濾器之前 1~2m 處應有濕度傳感器，控制系統內的空氣相對濕度不宜大于 75%。
9、凈化空調機組箱體的密封要求
凈化空調機組箱體的密封應可靠，當機組內試驗壓力保持 1500Pa 的靜壓值時，I級潔凈用房的系統，箱體的漏風率不應大于 1%；其他潔凈用房系統，箱體的漏風率不應大于 2%。
只有這樣可能從根本上消除空氣途徑引起的微生物污染(或危害)。滋菌的必要條件是營養源(塵埃)和水分(高濕度)，還有基材的特性。如要控制從滋菌擴展到微生物污染 (或危害)，需要從全過程仔細檢查系統中可能產生微生物污染 (或危害) 的關系鏈。這關系鏈通常由如下三條組成:
(1) 存在微生物積存的隱患
(2) 引發微生物繁殖的因素
(3) 具有使微生物從積存地散播給易感人群的途徑。
因此一個重要措施在于從根本上破壞或消除系統中這條關系鏈，即消除細菌滋生的條件，抑制或降低細菌發生，切斷系統所有潛在的污染傳播途徑。防止空調系統污染的另一原則是長期維持空調系統的干燥與清潔。相對來說消除積塵較為簡單，關鍵問題采用措施將系統中水分盡快排除，避免水分的產生、飛揚、積存或局部形成高濕度。僅靠增加空氣消毒裝置是無法解決問題的。所以以上《規范》中提出的9點要求都是圍繞“消除微生物滋生條件、保持干燥環境"來采取的措施。
二、各國對空氣處理機的要求
1、新風口
設置防雨進風口；推薦采用集中新風處理箱。
2、熱交換器
不應采用淋水室，采用表面式熱交換器。
3、凝水盤、水封
凝水盤足夠大，不積塵，不存水；水封能順利排走凝水，防止污染臭氣從排水管逆流到排水；水封深度取作空調機內的靜壓的兩倍以上。
3、加濕器
加濕使用的水至少達到可飲用水的質量；不應使用蓄水型噴水加濕器或離心霧化加濕器；在蒸汽加濕時，蒸汽應不含任何有害于健康的物質；加濕裝置應與其使用目的相符合，能抗腐蝕、可清洗以及可消毒。
4、空氣過濾器
通過過濾器介質的氣流的濕度不能超過 95%；避免過濾器受潮或長期處于高濕度下。美國 ASHRAE170 標準規定：在空氣處機組和風管系統中加濕器設置部位要能防止濕氣在下游側的部件、過濾器和保溫層等處積聚。醫療設施加濕器使用的蒸汽應符合 FDA 的要求。蓄水式加濕器或板式蒸發加濕器不得在醫療設施的風管或空氣處理機組使用。濕度傳感器應設置在蒸汽出口下游適當距離處，并應控制管道內最高相對濕度不超過 90%。在空氣處理機組不運行時，加濕器的蒸汽控制閥應設計為保持關閉狀態。
德國 DIN1946 標準也要求“在空氣處理機組送風側的所有的部件和材料，包括密封圈和密封劑，都不能有害健康，不能釋放有害氣體或物質，不能成為微生物生養基";“與氣流接觸的管材應該能耐消毒劑";“處于氣流中的內表面至少應該是鍍鋅層或涂層，還有位置較低部件的涂層，包括部件的潛動導軌，以及其他可能會和(凝結)水接觸的表面，都應該是抗腐蝕并由不銹鋼或者鋁合金組成";“用于特殊目的(例如物理治療) 或者不受衛生要求限制的空氣處理機組也可以采用其他適合的表面"。
空調機(帶制冷機，冷量在 16.3kw 以上)、空調器(帶制冷機，冷量在 16.3kw以下)、空調機組 (不帶制冷機) 是凈化空調系統Z常用的重要部件，醫用凈化空調機組應能有效避免產生微生物二次污染、抑制機組附著微生物的滋生，且能滿足醫療特定要求。它的制作及選材應滿足日常進行維護方面的特點，如清洗、消毒、防銹、防腐、排水等均應有與普通常用空調設備不同的要求，本條針對這些原則提出了不同要求，大量工程實踐已證實這些要求是可行的。例如: 對于空調機組內不應采用淋水室，因為淋水室中的水質很差，尤其是水中的含菌量很高，菌種很雜，故不應作為冷卻段使用，空調箱(器)中加濕器的下游應有足夠的距離，便于水珠充分汽化，空氣吸收水分，以保證管道和過濾器不受潮。美國相關標準甚至把本條第 8 款中的相對濕度值降低到 70%。考慮到有存水容器的噴霧式或電極式水加濕器的水質容易滋生細菌、變質，故推薦采用干蒸汽加濕器。但由于通常鍋爐房生產的蒸汽中含有清洗劑、防腐劑、防垢劑等物質，使蒸汽含有不良氣味，影響室內空氣品質，甚至使室內人員發生加濕器熱病，所以強調用干蒸汽加濕，加濕水質應達到生活飲用水衛生標準，可使用專用鍋爐發生二次蒸汽，且加濕器結構應便于清潔。