醫藥工業凈化工程較為典型的特點有：
一、潔凈生產車間設計環境參數
1、潔凈區對溫濕度要求較為寬松    GMP設計規范第2.2.3條對溫濕度的規定是：
（1）生產工藝對溫度和濕度無特殊要求時，以穿著潔凈工作服不產生不舒服感為宜。空氣潔凈度100級、10000級區域一般控制溫度為20～24℃，相對濕度為45%-60%。100000級區域一般控制溫度為18～28℃，相對濕度為50 %--65%。 這個溫濕度范圍及精度要求相對電子廠要求較為寬松，一般來說采用集中式冷水機組+組合風柜送風可達到要求。投資較少及運行費用低。
（2）生產工藝對溫度和濕度有特殊要求時，應根據工藝要求確定：
就片劑、膠囊劑、顆粒劑的生產，從工藝上講，空氣濕度越低，更有利于藥品存放、生產。加濕的情況在生產中一般不會出現。根據該制藥工業城空調系統運行來說，原來設置的蒸汽加濕裝置就基本沒有使用過。據統計，一年中濕度超出下限45%的情況一般在冬季三個月份，總天數在2至4個星期，zui低時在20%左右，并未對人員舒適感及工藝產生影響。因此，除特殊藥品生產工藝上有濕度要求外，一般來說，空調系統可不設加濕裝置或僅做局部加濕控制。
2、生產工藝流程多，各個房間溫濕度負荷相差大。以片劑、膠囊劑、顆粒劑等的生產工藝流程來看，對濕度有較低要求的工序只是壓片、填充及裝袋，要求濕度取濕度下限值。而其它工序可取濕度設定上限值。因此，設計中如考慮滿足zui不利工況房間，則增加投資相差太大。實際中，由于該間操作人員少，面積，可考慮增加單獨除濕設備如冷凍干燥機等方式來解決。
根據《采暖通風與空氣調節設計規范》第7.2.3條：空氣調節系統溫濕度敏感元件和檢測元件的裝設地點，應符合下列要求：
（1）在室內，應裝設在不受局部熱源影響的、有代表性的、空氣流通的地點，僅局部區域要求嚴格時，應裝設在要求嚴格的地點；
（2）在風管內，宜裝設在氣流穩定管段的截面中心。因此，潔凈空調系統的自控系統溫濕度控制信號可采自總回風管，但在有單獨除濕設備及濕度要求高的壓片、填充、裝袋等房間需有溫濕度指示裝置。以便操作人員進行調控。
3、基于溫度控制精度要求不高，如果濕度許可，可考慮冷天時采用增大新風及排風來通風降溫除濕，節省運行費用。因些，新風管尺寸設定時，要適當加大。并要有方便的調節方式位置或安裝電動風閥。
二、負荷計算
大型綜合性藥品生產廠，有多種藥品品種，各種藥品的淡旺季不同，全部車間24小時同時生產的情況在一年占的比例不大。如某制藥工業城，六層生產車間，淡季時可能會出現整個系統（空調、蒸汽、空壓、純水、鍋爐等）為一個車間服務的情況。因此，單就空調系統來說，不能夠單純追求大容量冷水機組集中供冷，這樣，在部分車間運行的情況下，容易造成大馬拉小車，反而增加運行費用，系統得不到*停機保養的時間，縮短設備使用壽命，增大故障停機機會。按《采暖通風與空氣調節設計規范》第6.1.4條：大型制冷機房，當選用制冷量大于或等于1160 kW的一臺或多臺離心式制冷機時，宜同時設置一臺或兩臺制冷量較小的離心式、活塞式或螺桿式等壓縮式制冷機。該制藥工業城的空調系統就是采用1920 kW（500冷噸）、1150 kW （300冷噸）進口離心機組及384 kW（100冷噸）、288 kW （71冷噸）螺桿機組各一臺，根據負荷情況選擇開機。從實際應用來看，制冷機組選型搭配較為合理。
另外就空調系統面言，水系統（冷卻水、冷凍水）設備管道故障率較高，如果沒有有效定期的維修，故障停機造成的影響較大，維修時間較長。本空調系統采用2個400 t（水噸）冷卻塔，夏季剛好是生產旺季，制冷負荷大，兩臺水塔需全部開啟，因設備老化原因，布水器軸承維護周期縮短，就容易出現水塔故障，造成停機，影響生產。適當將空調系統分區，如將生產季節相近的藥品生產車間分開一個供冷系統，各系統的冷凍水，冷卻水系統相通，故障時連通使用。分攤故障風險，較為有利于生產。
三、壓差調節
靜壓差的作用：在門窗關閉的情況下，防止潔凈室外的污染物由縫隙滲入潔凈室內；在門窗開啟時保證有足夠的氣流向外移動，以防止潔凈室外空氣隨人進入凈化間。由于房間分隔較多，壓差調節較為復雜。
GMP認證中，壓差驗證是一個很重要的必查項目。其中，GMP設計規范第2.2.5條潔凈室必須維持一定的正壓。不同空氣潔凈度的潔凈區之間以及潔凈區與非潔凈區之間的靜壓差不應小于5 Pa，潔凈區與室外的靜壓差不應小于10 Pa。藥品生產質量管理規范規定有壓差要求處均需設定有指示壓差的裝置。
四、排風
1、基于藥品生產的特點，固體制劑生產多用粉末態原料，產生粉塵以及某些工藝過程產生有害氣體。藥品車間排風系統相對重要及復雜。GMP設計規范中對排風設置要求有：
第8.2.6條潔凈室內生產粉塵和有害氣體的工藝設備，應設單獨的局部除塵和排風裝置。
第8.2.7條需要消毒滅菌的潔凈室，應設排風設施。
2、基于排風的普遍性及含粉塵多等的特點，在設計時要注意：
（1）車間粉塵多，回風口，排風口選用網紋較密的過濾網，易拆洗，避免過多粉塵進入回風管道。回風管道適當位置留清洗口，定期清理。
（2）基建時預留好通風井道，以利于排風管道安裝及建筑外觀美觀。
五、建筑高度要求
醫藥生產管道系統較為復雜重要，一般在凈化車間吊頂上分布有水管（純凈水管、注射水管，生活用水管，排水管），蒸汽管，蒸凝結水管，壓縮空氣管，空調冷凍水管等管道，加上電線管槽及空調風管等。考慮到今后維修及設備改造等的需要，吊頂必需有足夠的操作空間。應此，建筑層高必然要求較高。以該工業城建筑層高5.1 m來看，凈化間層高2.8 m，吊頂空間2.3 m，整個吊頂層安裝吊頂照明，從維修改造工作來看，是非常必要的。