凈化工程空氣除菌錯失有以下幾種：
（一）、熱滅菌法
空氣在進入培養系統之前，一般均需用壓縮機壓縮，提高壓力，空氣經壓縮后溫度能夠升到200℃以上，保持一定時間后，便可實現干熱殺菌。
（二）、輻射滅菌
輻射滅菌的原理是α射線、X射線、β射線、γ射線、紫外線、超聲波等從理論上講都能破壞蛋白質，破壞生物活性物質，從而起到殺菌作用。應用范圍通常用于無菌室和醫院手術室。缺點是殺菌效率較低，殺菌時間較長。一般要結合甲醛蒸汽等來保證無菌室的無菌程度。
（三）、靜電除菌
近年來一些工廠已使用靜電除塵器除去空氣中的水霧、油霧和塵埃，同時也除去了空氣中的微生物。對Iμm的微粒去除率達99％，消耗能量小，每處理1000m3的空氣每小時只耗電0.4~0.8kW。空氣的壓力損失小，一般僅（3~15）×133.3Pa。但對設備維護和安全技術措施要求較高。
靜電防塵是利用靜電引力來吸附帶電粒子而達到除塵、除菌的目的。懸浮于空氣中的微生物，其孢子大多帶有不同的電荷，沒有帶電荷的微粒進入高壓靜電場時都會被電離變成帶電微粒。但對于一些直徑很小的微粒，它所帶的電荷很小，當產生的引力等于或小于氣流對微粒的拖帶力或微粒布朗擴散運動的動量時，則微粒就不能被吸附而沉降，所以靜電除塵對很小的微粒效率較低。
用靜電除菌凈化空氣有如下優點：
（1）阻力小，約1.01325×104Pa；
（2）染菌率低，平均低于10~15％； 
（3）除水、除油的效果好；
（4）耗電少。缺點是設備龐大，需要采用高壓電技術，且一次性投資較大；對發酵工業來說，—其捕集率尚嫌不夠，需要采取其它措施。
（四）、介質過濾除菌法
介質過濾除菌法是讓含菌空氣通過過濾介質，以阻截空氣中所含微生物，而取得無菌空氣的方法。通過過濾除菌處理的空氣可達到無菌，并有足夠的壓力和適宜的溫度以供好氧培養過程之用。該法是目前廣泛應用來獲得大量無菌空氣的常規方法。常用的過濾介質有棉花；活性炭或玻璃纖維、有機合成纖維、有機和無機燒結材料等。由于被過濾的氣溶膠中微生物的粒子很小，一般只有0.5~2μm，而過濾介質的材料一般孔徑都大于微粒直徑幾倍到幾十倍，因此過濾機理比較復雜。
隨著工業的發展，過濾介質逐漸由天然材料棉花過渡到玻璃纖維、超細玻璃纖維和石棉板、燒結材料（燒結金屬、燒結陶瓷、燒結塑料）、微孔超濾膜等。而且過濾器的形式也在不斷發生變化，出現了一些新的形式和新的結構，把發酵工業中的染菌控制在極小的范圍。