從20世紀60年代起，工業潔凈技術得到迅速發展和完善，工業潔凈室在宇航、電子、光學、精密機械等領域廣泛應用。人們發現在工業潔凈室里，空氣中微生物的重量和灰塵的含量同樣得到了控制。因此，采用空氣潔凈技術，過濾掉空氣中的塵粒，同時也就除去了微生物粒子。于是開始嘗試利用工業潔凈室進行一些要求無菌環境的實驗。美國宇宙 航天局（NASA）zui早對現代生物潔凈室進行了一系列的工作，zui的例子就是1962年桑第阿公司（Sandier Corporation）的懷特菲爾德（Whitefield）和勒夫累絲研究所（Lovelace Foundation）的克累潑（Clapper）協作完成的ICR中,由外科醫生維特卡潑(Whitcomb)進行了升入對太空的狗的手術的實驗。同時人們對塵菌共存的機理進行了研究后確認，空氣中的細菌主要來自土壤，或者是來自人和動物的機體等，并隨著灰塵、液滴、及皮屑、毛發等被傳播，而且液滴與灰塵中細菌所需要的營養，離開了營養 ，除形成芽孢，細菌是不可能生存的。此外，一般來說，室內的灰塵越多，細菌也同樣附著于液滴、灰塵，借助于液滴、灰塵作為生存和傳播的媒介，因為病毒無完整的酶系統，不能單獨進行物質代謝，不能在無生命培養基礎上生長，有嚴格的寄生性，必須寄生在某種活細胞內才能生長繁殖，與其依*生存的物質結合緊密。也就是說，對空氣中液滴、灰塵進行控制的同時，必然使附著于液滴與灰塵上的微生物也得到控制。
與此同時，為了控制術后感染，國外對手術室的無菌化進行了多方面的研究。例如，1961年左右R•羅彼特設計了在風機出口有多個殺菌燈的裝置，空氣經過殺菌后進入室內，手術室一般采用頂棚全面送風，換氣次數約15次/時，循環風量為75%，此方法在一些手術室和無菌室中應用。
1965年開始了對層流式BCR手術室的研究工作，1966年1月在Whitcomb主持下，世界上*個“層流式”BC手術室，在美國新墨西哥州的Albuguergue市的巴頓紀念病房（Bataan）建成。這也是BCR技術開始應用于醫療事業的zui早實例。
英國的Whightington醫院的整形外科醫生D•J•Charley從1959年開始應用股關節全置換手術，到1970年完成了5000例以上的這類手術。Charley為防止空氣感染多次進行空調裝置的改進，zui后建成了與垂直層流相類似的稱之為潔凈小室（Clean Room）型的BC手術室，于1966年6月投入使用。此后Charley方式的BCR由英國的Howroth公司定型生產。
1966年美國污染控制協會（AACC）發表了《層流手術室的設計與建造》、《層流潔凈空氣在外科領域的應用》，1967年發表了《醫院手術室與潔凈室內微生物污染等級的比較》等重要資料，在當時對指導BCR在醫院的應用起到很好的作用。
為了防止急性白血病患者的并發感染，對建立無菌室進行了各種嘗試。1961年前后開始使用Bubble型隔離器（Bubble Type Isolation）。美國明尼蘇達大學（Minisuta University）的水平層流無菌室于1966年完成，實驗獲得成功。1967年的得克薩斯州的M•D•安得遜醫院是的BC白血病治療室。
歐洲大陸zui早的層流式BCR是1967年建在奧地利里茲市的急救醫院。
1970年瑞士的薩加內州立醫院的整形外科主任Weber主持建成了由茲魯茨阿公司制造的Ailopro式垂直層流BC實驗室。
1971年林的英階魯醫院的Muller采用魯羅公司的垂直層流BCR進行了人工關節手術。
日本的BCR發展迅速，到20世紀70年代中期，所建造的數量等于德國、英國、瑞士、法國等歐洲國家設置點數，BCR的前身是無菌動物培育設備，從20世紀40年代末、20世紀50年代初開始研究，1951年名古屋大學官川教授等完成了M51型飼育隔離裝置，其中空氣的無菌是采用高溫法。
1965年3月，由日本公共衛生設計的動物實驗中央研究室建成了SPF動物私育室，這是日本zui早采用過濾器的生物潔凈室。1966年，日本關西工場的SPF動物飼育室大規模使用了過濾器，它們在流型上都是 亂流式（turbulent mixed flow）。
1970年10月愛知縣職工醫院有 山田一正博士主持建成了白血病患者治療室。他是用ICR的裝配式垂直層流過濾器單元組成。此后，1972年國立大阪南院的整形外科主任敷田博士主持建成了BCR的垂直層流過濾器單元式BC手術室。至此，BCR已達131個。
我國生物潔凈室起步較晚，1978年一些制藥廠對原有空調系統進行了改造，開始采用生物潔凈技術，1980年簡易型水平層流空調凈化機組用于黑龍江省醫院，裝配式無菌病房用于上海新華醫院。1981年研制成功生物安全工作臺，哈爾濱松江罐頭廠建成了甜煉乳、番茄醬和培根的無菌裝罐室。
1985年國家醫藥局頒發了中國zui早的GPM，此后的10年多中，全國的制藥企業技術改造不斷深化。通過大量的工程實踐，生物潔凈技術相關的材料、設備、工藝日益完善，為推廣應用至醫療衛生、食品和化妝品等相關行業奠定了基礎。
20世紀80年代中期解放軍總醫院康復樓無菌手術部、上海長征醫院無菌手術室、上海華山醫院、中國醫學科學研究院和天津血液研究所無菌病房等項目的建設，標志了生物潔凈技術在我國醫學界進入了實踐階段。