生物安全柜在使用過程中難免會有各種各樣的污染，怎么樣對生物安全柜進行有效的清潔和清理呢？
首先清除Ⅰ級和Ⅱ級生物安全柜的污染時，要使用能讓甲醛氣體獨立發生、循環和中和的設備。應當將適量的多聚甲醛（空氣中的終濃度達到0.8%）放在電熱板上面的長柄平鍋中（在生物安全柜外進行控制）。 然后將含有比多聚甲醛多10%的碳酸氫銨置于另一個長柄平鍋中（在生物安全柜外進行控制）。在柜外將該平鍋放置到第二個加熱板上，在安全柜外將電熱板接上插頭通電，以便需要時在柜外通過開關電源插頭控制盤子的操作。
如果相對濕度低于70％，在使用強力膠帶［如管道膠帶（duct tape）］密封前部封閉板前，還要在安全柜內部放置一個開口的盛有熱水的容器。如果前部沒有封閉板，則可以用大塊塑料布粘貼覆蓋在前部開口和排氣口以保證氣體不會泄漏進入房間。同時供電線穿過前封閉板的穿透孔須用管道膠帶密封。
將放有多聚甲醛平鍋的加熱板插上插頭接通電源。在多聚甲醛*蒸發時拔掉插頭以斷電，使生物安全柜靜置至少6h。然后給放有第二個平鍋的加熱板插上插頭通電，使碳酸氫銨蒸發。然后拔掉電插頭，接通生物安全柜電源兩次，每次啟動約2秒鐘來讓碳酸氫銨氣體循環。在移去前封閉板（或塑料布）和排氣口罩單前，應使生物安全柜靜置30min。使用前應擦掉生物安全柜表面上的殘渣。