潔凈室內的排風口，其作用為排熱、排濕、排污染物質。當室內設備產熱太大時，為了節(jié)能，可把設備產熱就地排走以減小空調冷負荷。這時的排風口位置應設在產熱設備的正上方；如果在潔凈室內，由于工藝要求，某些濕表面不能密閉時，為了減小室內的濕負荷，可在濕表面附近設置排風罩（可在正上方或側面設置）；在生產過程中，有可能散發(fā)有害氣體或顆粒，控制方法是在污染物散發(fā)源處及時排走污染物，可采用排風罩或密閉隔離罩等措施來排除污染。可見，排風口或排風罩的布置應根據行業(yè)規(guī)范或生產工藝的具體條件來確定。如潔凈手術室內的排風，在《醫(yī)院潔凈手術部建筑技術規(guī)范》（GB 50333-2002）中規(guī)定：潔凈手術室必須設上部排風口，其位置宜在病人頭側的頂部。排風口進風速度應不大于2m/s。這一規(guī)定，是為了排除一部分較輕的麻醉氣體和室內污濁空氣。所以排風口應設在上部并靠近發(fā)生源處。
對于潔凈生產車間，應根據生產工藝及設備特征靈活設置，如果工藝條件允許，設排氣罩要比設頂部排風口排除污染的效果好，設密閉排氣罩排污效果更好。所以，在布置排風口時，應綜合考慮各種規(guī)定及生產工藝情況，確定有效的排風方式及排風口位置。
排風口位置及排風方式確定后，就應設計排風管系統。在各潔凈室單獨設置排風系統還是多間潔凈室并聯設置排風系統，除應嚴格執(zhí)行相關規(guī)范的規(guī)定外，還應通過分析污染的性質來決定系統形式。如醫(yī)院潔凈手術室的排風系統應和輔助用房的排風系統分開設置。生產車間中如所排出的污染物屬于同一性質，不會造成交叉污染，在混合后也不會產生各種危險，就可以多間潔凈室共用一個排風系統。每一個排風系統的排風出口都應直接通向室外，不應排入吊頂夾層中。排風系統中，暴露于潔凈室的管道及排風罩宜采用不銹鋼板制作，在夾層或夾道內的隱蔽管道，可采用鍍鋅鋼板或滿足排風要求的其它板材制作。當排風氣流中含有腐蝕性物質時，應采用耐腐材料制作排風管。
潔凈室的排風系統應防止室外氣流倒灌而污染潔凈室。工程中常采取的防倒灌措施有：采用中效（或高中效）過濾器，效果較好。因為不僅有過濾功能，更主要的是風壓或熱壓不太可能客服過濾器的阻力。因此，倒灌氣流就不太可能形成。不過采用這種措施時，需定期清洗、更換過濾器。否則，會影響排風量。還可以采用止回閥防止倒灌，使用方便，無需經常維修管理，但效果很差。因為止回閥的密封性很差，在熱壓或風壓的作用下，室外氣流很容易滲入室內污染潔凈室。還可采取裝設電動密閉閥的措施來防止倒灌，只要密閉閥質量好，其防止室外污染的可靠性就高。
當排風中含有易燃易爆的氣體時，應采取防爆排風機（潔凈室內的凈化燈及開關等均需采用防爆型的產品，墻面應采取防靜電的措施）。
當排風氣流中含有致敏性物質，或有害物質濃度及排風量超過國家或地區(qū)有害物排放濃度及排放量規(guī)定時，應進行無害化處理。無害化處理的具體措施應根據有害物質的性質來確定。如青霉素分裝車間的排風中，主要含有致敏性的有害物，可在排風系統的入口處裝設高效過濾器來防止對環(huán)境的污染。如實驗動物房，排風中的有害物質主要是氨等臭氣，可采用在排風系統中裝設活性炭過濾器（或分子篩過濾器）的措施來防止臭氣的污染。
當排風氣流中含有水蒸氣和凝結性物質時，應在排風系統中設坡度及排放口。
在布置排風管道時，應遵循短、直、順的原則，盡量減少管件，降低管道系統阻力。在排風系統出口應裝設防雨百葉或防雨帽。