組合式凈化空調機組通常由以下段位組成：
（1）新、回風混合段
（2）粗效過濾段
（3）加熱段
（4）表面冷卻段
（5）加濕段
（6）風機段
（7）滅菌段
（8）二次回風段
（9）中間段
（10）中效過濾段
（11）出風段
（12）消聲段
在工程設計中所選的組合式凈化空調機組并非包含上述所有段位，而應根據空氣處理的要求選擇所需段位并進行科學的排列。
（1）新、回風混合段：其功能就是把新風和回風（一次回風）在該段內進行混合。通常在新風和回風的入口處設有手動調節閥。如凈化空調系統設有自動控制裝置時，在新風入口和回風入口處均裝設電動調節閥，在過渡季節可增大新風量有利于節能。
（2）粗效過濾段：內裝板式或袋式粗效過濾器。板式粗效過濾器占用的空間比袋式粗效過濾器小，可使機組長度縮短，節約機房面積。但在同樣的斷面風速下，板式粗效過濾器的濾速較大，因而阻力較大。當機房面積不受限制時，主張優先選用袋式粗效過濾器。這樣，濾速較小，阻力也較低，有利于系統的設計。
（3）加熱段：供冬季加熱空氣或夏季空氣再熱用。根據加熱介質的不同，可選用熱水加熱器或蒸汽加熱器，視具體情況也可選用電加熱器。
（4）表面冷卻段：內裝表冷器和凝水盤，供夏季對空氣進行冷卻或冷卻去濕用。
（5）加濕段：內裝加濕器，對于生物潔凈室盡量選用干飽和蒸汽加濕器，不會污染空氣且加濕量容易控制。若采用水噴霧加濕器，不管是離心式還是超聲波式，由于水槽容易滋生細菌，所以在生物潔凈室工程中盡量不選用該類加濕段。
（6）風機段：內裝離心風機。在滿足系統要求的前提下，盡量選用低轉速的風機。這樣，可減小噪聲。與一般空調相比，其風量大、風壓高。選用彈簧式減振器效果較好，對于醫院潔凈手術部所用機組，應選用不銹鋼風機。
（7）滅菌段：內裝臭氧發生器或紫外線滅菌燈。臭氧滅菌屬環保型滅菌，滅菌效果好。可把機組內、管道系統內及潔凈室內的細菌殺滅。而紫外線殺菌只對機組的內表面有滅菌效果，對流動的空氣幾乎沒有滅菌效果。臭氧滅菌應在潔凈室內無人的狀態下進行，否則，對人體的呼吸系統及黏膜有損壞作用。臭氧對某些電子儀器的電路板有氧化作用。
（8）二次回風段：如果空氣處理方案采用二次回風，可選用此段。
（9）中間段：也稱過渡段。由于組合式凈化空調機組各段位排列順序不同，有些段之間必須設中間段供日后檢修使用。所以，中間段內不裝設備，只設置檢修門。
（10）中效過濾段：通常內裝袋式中效過濾器。
（11）出風段：有時與中效過濾段合而為一，稱為中效出風段。其上留有出風口及調節閥，出風口可設在頂部，也可設在側面，視具體情況而定。
（12）消聲段：起消聲作用。在凈化空調工程中多選用微穿孔板消聲器作消聲段。之所以把該段放在后介紹，是不主張在機組內設置消聲段。因為從消聲效果來講，應在機組的出、入口加裝消聲段才有效，且消聲段應有一定的長度。這樣，就使組合式凈化空調機組的長度增加很多，一般情況下，機房面積不能滿足。所以，比較有效的做法是機組內不設消聲段，而在送回風管道上設置足夠長的消聲器。