一、主體建筑設計承擔凈化空調設計
設計師具有凈化空調的設計能力，或者至少具有凈化空調條件設計和造價把控等能力。
1、關于工藝條件的獲取和在設計文件中的表達
從甲方處獲取，或甲方授權（有往來文函或合約等）由醫院方、工藝設計方、暖通設計師和建筑師共同確定，并將房間名稱、潔凈區范圍、潔凈度級別、壓力要求、最小凈高、各專業主要設備占位、局部通風設備、大型醫療設備參數等工藝條件表達在公共底圖上。
2、凈化空調條件設計
主體建筑設計機構完成的凈化空調設計（簡稱一次設計），一般情況下，后續會由凈化空調專業公司進行深化設計（簡稱二次設計）。這就要求一次設計確定的各種條件，如供電、上下水、空調冷熱水供應、加濕蒸汽供應、結構承重、室外機設置場地、凈化空調和通風機房、新風口、排風口、豎向井道、水平管道敷設空間等具有后續二次設計、實施及使用的合規性、可行性及合理性。
3、造價控制
一次設計所確定的凈化空調設計標準、空調系統形式、自動控制要求、設備備用情況等的正確性和設計完成度，是造價控制的基礎，將直接影響潔凈區的建設進程和建設質量。
4、凈化空調系統冷熱源設置
凈化空調系統的冷熱量需要根據潔凈區域在建筑中的分布、使用時間、使用性質等因素分別計算和統計。凈化空調冷熱源系統（簡稱小系統）需根據各區域的使用要求和冷熱量需求的大小，確定并入主體建筑冷熱源系統（簡稱大系統），還是設置獨立的小系統。如果小系統與大系統合用，需要考慮冷熱需求不同步以及過渡季節小負荷時，供冷或供熱的可行性和經濟性。獨立設置的小系統，宜考慮適當的冗余量或有其他系統作為備用，使其具備與潔凈區對冷熱供應要求相適應的保障能力。
二、凈化空調設計分包
如果主體建筑設計機構不具備凈化空調設計能力，宜采取分包的方式。如果分包，分包方應盡早參與項目的設計，通過合同或協議等法律文件確定設計界面、設計責任、設計周期、服務期限，并約定設計標準、設計文件要求、統一技術措施和接駁口條件等。以下各個方面，需要分包方在設計的不同時間節點協同處理。
1、工藝設計
根據合同約定和相關設計規范的規定，分包設計方與工藝設計方（或由分包設計方承擔）、建筑設計方、醫院方、甲方共同確定工藝要求，并由建筑專業將主要工藝要求表達在公共底圖上。
2、分包與暖通空調專業之間
凈化空調設計界面應包括潔凈區與非潔凈區在物理空間的界面、本專業各系統的界面。分包物理界面（一般與潔凈區的劃分相同）確定以后，宜由建筑專業表達在公共底圖上；本專業系統界面的劃分則需在合約的基礎上，暖通空調專業與凈化空調分包方充分溝通，確定接駁口技術條件，分配主要設備、水平豎向管道占位空間（如共用的冷熱源水系統、共用的新風、排風系統、共用的空調通風機房、共用的豎向井道、可能短路范圍內的進排風口設置情況）。
潔凈區排煙和補風系統一般由主體建筑設計方承擔。主體建筑設計應合理設計排煙和補風系統管線的尺寸和走向，管道綜合應將主體建筑設計和分包設計的所有管線一并納入，避免安裝完成后潔凈區凈高不夠。凈化空調冷熱源由醫院集中冷熱源系統提供（或作為備用）時，分包方應向暖通空調專業提出對冷熱源運行時間、供回水參數、水系統工作壓力等要求，同時提供潔凈區供冷 /供熱量及全年使用要求、水系統接駁口技術條件等。
3、分包設計與相關專業之間
分包設計方應在約定的設計節點，向主體建筑設計的相關各專業提出專業間協同設計的資料，以下為向各專業提資的主要內容：
（1）向建筑專業提資的內容
包括凈化空調冷熱源位置、占地面積，水泵房、凈化空調機房、通風機房的位置、面積、凈高及隔聲降噪要求，屋面設備及走管區域、豎向井道的位置及尺寸要求、潔凈區層高要求、圍護結構密閉性要求、外墻進、排風條件等。分包方應與主體建筑設計同步更新公共底圖，并在建筑專業主導下，合理分配設備 / 設施位置，避免分包設計與主體建筑設計范圍不一致、設備、設施重復占位等協同方面的問題。大面積預留機房的區域，應規劃疏散口、疏散寬度和疏散距離等，應避免實施時不符合防火規范的要求。
（2）向結構專業提資的內容
分包方應向結構專業確定各層梁高，是否有鋼支撐、粘滯阻尼器（阻尼墻）、加腋等特殊構造，同時向結構專業提供凈化空調相關設備荷載、基礎、樓板或剪力墻開洞等資料。
（3）向電氣專業提資的內容
向強電專業提供設備用電位置、運行時間、是否遠程開關、聯鎖啟停和開關順序、諧波屏蔽、功率/電壓/接地等用電要求，特殊用電要求如凈化空調機組電加熱、電加濕、變頻控制等；向智能化專業提供設備、控制閥門、傳感器的要求，以及自動控制原理圖等。
（4）向給排水專業提資的內容
向水專業確認設計界面內是否涉及氣體滅火房間，是否有重力流管道布置區域，同時提供凈化空調給水、排水要求，如加濕給水點位、水量、水質要求、蒸汽凝結水排放溫度、點位等資料。如采用集中蒸汽加濕，應將加濕蒸汽量、蒸汽壓力等參數要求提供給動力專業。
（5）建筑經濟專業
分包單位根據與業主方確定的設計標準設計完成后，將設計說明和施工說明、主要設備材料表、相關設計圖紙等提供給建筑經濟專業。不同的設計標準和所采用的凈化空調品牌和等級，對凈化空調工程造價影響較大。在設計前期分包方應與甲方、醫院方充分溝通使用要求、計價方式、設備材料的品牌和等級，避免不符合立項要求的過度設計或缺項漏項等，以完成符合預期目標的造價設計。